بر اساس رتبه‌بندي 100 چالش اساسي كشور، مساله آب رتبه دوم در حال حاضر و در سال‌هاي آتي را دارا می‌باشد. سرانه منابع آب تجديد پذير كشور از 5500 مترمكعب در سال 1340 به حدود 1300 مترمكعب در سال‌های اخير كاهش پيدا كرده و كشور وارد تنش آبي شده است. حدود نیمی از مصرف آب ایران از سفره‌های زیرزمینی بوده كه دچار كاهش شدید تراز آب و در نتيجه فرونشست زمین گرديده است. علاوه بر تنزل كميّ منابع آب، كيفيت آن خصوصاً در آب‌هاي سطحي دچار مخاطره شده است.  همچنین برخي از مصاديق چرخه­ هاي معيوب سيستمي محیط زیستی عبارتند از استفاده از پساب تصفيه نشده برای مصرف كشاورزي، ريزگردها و آلودگي هوا، آلودگي پسماند معادن روباز مجاور شهرها، انتشار فلزات سنگين و راديواكتيو، انتشار بيماريهاي واگير بخاطر ضعف سيستم بهداشتي، آلودگي صوتي و جزيره حرارتي شهرها منجر به اخلال اعصاب، از بين رفتن گونه ­هاي ژنتيكي مورد نياز، امنيت غذايي و مهاجرت به خاطر تغيير اقليم و مديريت نادرست سيل منجر به فوت و جراحت شده است. با توجه به عدم باور به نقش مردم در حفاظت از منابع آب و محیط زیست، کمبود اعتماد به دولت، غلبه‏ ی شرایط ضد انگیزشی، عدم عدالت و اعتماد به سایرین و ابهام در اثربخشی تلاش‌ها، عدم همکاری و غلبه ‏ی رویکرد رقابتی در برداشت از منابع، ادامه زوال منابع آب و محیط زیست وجود خواهد داشت و حل مساله نيازمند ورود جدي اندیشکده­ ها براي مطالعات بين بخشي و موثر مي باشد.
در دهه ­های اخیر، گسترش پدیده شهرنشینی، توسعه صنعتی و نیز عدم بهینه‌سازی مصرف آب کشاورزی موجب شده تا فشار فزآینده ­ای بر منابع آب و محیط زیست کشور وارد شود. از طرفی، سیاست­گذاری­ های ناقص، غیرسیستماتیک، ناسازگار و عدم توجه کافی به ابعاد سیستمی و کنش­ های انسانی منجر به تشدید تبعات منفی شده ­است. بنابراین برای مديريت آب و محیط زیست بايد راهكارهاي علمی، تاب ­آور، خلاقانه، مورد قبول اكثریت، شفاف و قابل اجرا توسعه و تدوین شود. برای این منظور بكارگيري نیروی انسانی با استعداد، علاقه ­مند و نیز توانمند در پژوهش بین­ بخشی با توجه به فناوري هاي نو براي کشور ضروری است. با توجه به اين شرايط، برای تشکیل اندیشکده آب و محیط زیست پژوهشكده چشم انداز، ماموریت، رویکرد، ارزش ها و اهداف کلان زير را تعريف مي شوند:

چشم انداز:

اندیشکده آب و محیط زیست در افق سال 1410، مرجعی پیشتاز، اثرگذار و قابل اعتماد برای هم آفرینی راهکارهای سیاستی و حکمرانی آب و محیط زیست در بعد ملّی و منطقه ای خواهد بود.

ماموریت:
ارائه راه‌حل‌های خلاقانه و جسورانه برای تأثیر قابل توجه در حل چالش‌هاي كلان و بين ­بخشي آب و محیط‌زیست كشور به صورت مشاركتي همراه با بکارگیری دانش برای ساختن اقتصاد قوی، جوامع پویا و محیط‌های سالم

رویکرد:
رویکرد نوآورانه، فراگیر و یکپارچه با همگرایی ذینفعان مختلف برای یافتن و عملیاتی کردن راه‌حل‌هایی مشترکی را برای چالش‌های مهم آب و محیط‌زیست کشور است. ما همه ذینفعان را گردهم می آوریم تا راه‌حل ها را ایجاد کرده و از آنها استفاده کنند. از طریق برنامه‌ای از گفتگوهای ملّی، پلت‌فرم‌های مشترک برای ایجاد دانش و تبادل همتا، توسعه سیاست‌ها و برنامه‌های آینده نگر و فراگیر آب، آموزش عمومی جلب کرده تا اطمینان حاصل کنیم که محیط‌زیست قابل اعتماد در حال حاضر و در آینده برای همه در دسترس است.